A bacia hidrográfica do Lago Guaíba situa-se a leste do Rio Grande do Sul e banha 12 municípios e a capital Porto Alegre. No Lago Guaíba deságuam os rios Jacuí, Caí, Sinos e Gravataí, formando o Delta do Jacuí. O Lago Guaíba recebe grande quantidade de esgoto sanitário e resíduos industriais, o que pode comprometer a qualidade das suas águas. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade da água superficial do Lago  Guaíba, por meio de análises de genotoxicidade e de variáveis físicas e químicas. Amostras de água foram coletadas em julho de 2017, em dois pontos ao sul da ilha do Pavão. Um dos pontos localiza-se no leste da ilha (ponto 1), com influência do rio Gravataí, e o outro no lado oeste (ponto 2), com influência dos rios Jacuí e Sinos. As análises de genotoxicidade foram realizadas por bioensaios com cebola (Allium cepa) e incluíram a determinação do comprimento das raízes (CR), número de células em divisão mitótica (IM) e presença de micronúcleos e anormalidades cromossômicas (IMA). Os valores de temperatura, pH, oxigênio dissolvido, condutividade e turbidez foram obtidos com equipamentos portáteis, em triplicata, no momento da coleta. Amostras de água foram coletadas, acondicionadas e posteriormente analisadas pela Central Analítica da Universidade Feevale, quanto à demanda bioquímica de oxigênio (DBO5), demanda química de oxigênio (DQO), dureza, fósforo total, nitrogênio total, cloretos, sulfatos, sólidos totais, coliformes totais, Escherichia coli e os metais alumínio, cádmio, chumbo, cobre, cromo, manganês, níquel e zinco. Nos bioensaios, seis cebolas por tratamento foram expostas a água mineral (controle negativo), solução de paracetamol (controle positivo) e águas dos dois pontos de coleta. As cinco maiores raízes de cada cebola foram medidas em comprimento e preparadas para análise citogenética, sendo avaliadas 1000 células por bulbo. Nos resultados, verificou-se que os valores médios de pH, condutividade e turbidez foram significativamente mais elevados no ponto 1. No ponto 1 também foram detectados valores mais elevados de cloretos, dureza, sólidos totais, fósforo total, sulfato, coliformes totais, E. coli, alumínio e manganês, no entanto, de uma maneira geral os valores estiveram de acordo com Resolução CONAMA 357/2005, exceto alumínio, que apresentou valores superiores. O cálculo do índice de qualidade da água (IQA) mostrou que ambos os pontos apresentam qualidade regular. Até o presente momento, as análises de genotoxicidade indicam: controle negativo CR = 3 cm, IM = 0,05 e IMA = 0,05; controle positivo CR = 0,5 cm, IM e IMA = 0; ponto 1 CR = 4,4 cm, IM = 0, 042 e IMA = 0; ponto 2 CR = 4,5 cm, IM = 0,031 e IMA =  0,143.