O manejo do solo, causador de mudanças nos estoques de carbono, e o alagamento, que condiciona a redução de disponibilidade de oxigênio elementar no solo, são fatores que afetam diretamente a atividade e diversidade da microbiota do solo. Nesse sentido, esse trabalho teve objetivo de avaliar a atividade enzimática e a diversidade da microbiota de um Gleissolo Háplico cultivado com arroz irrigado a mais de 20 anos sob plantio direto, preparo convencional e sistema pré germinado. O protocolo experimental é conduzido desde a safra agrícola 1994/95 na Estação Experimental do Instituto Rio Grandense do Arroz, no município de Cachoeirinha (RS), Rio Grande do Sul. Em um Gleissolo Háplico distrófico. Os diferentes tratamentos foram definidos com base no manejo do solo utilizado em cada sistema: plantio direto(PD), pré-germinado (PG) e convencional (PC), sendo cada um deles caracterizado respectivamente por apresentar, PD mínimo revolvimento do solo, PC pela mobilização e aplainamento do solo e PG pela implantação das sementes germinadas em solo previamente alagado, além de um intenso número de operações de preparo do solo. O experimento possui blocos casualisados com 3 repetições. Para avaliação da respiração basal e de enzimas extracelulares 8 sub-amostras foram coletadas em cada unidade experimental na camada de 0–5 cm. As amostras foram coletadas com auxílio de um trado calador (diâmetro de 5 cm). Previamente as análises das amostras de solo foram tamisadas em peneira de 2 mm, para condução da determinação da respiração basal e das análises enzimáticas. Para atividade enzimática e de carbono e nitrogênio microbiano as amostras de solo foram coletadas em setembro de 2014 a março de 2016. A coleta de solo, para avaliação da diversidade microbiana do solo por meio de avaliação parcial do gene 16S rRNA, em dois blocos do experimento em condição de alagamento. Foram feitas também 8 sub-amostragens para cada amostra composta. Foi possível observar que após 20 anos da adoção do plantio direto, houve um aumento dos teores de C e N microbiano em comparação aos demais tratamentos que são mobilizados anualmente. Os maiores teores de carbono orgânico total, no plantio direto, possivelmente contribuíram para os maiores teores de C e N microbianos nesse manejo de solo. A adoção do plantio direto é uma alternativa que contribui para o aumento da biomassa microbiana e, consequentemente, aumentos nos teores de C e N em comparação aos demais manejos do solo. Esses dados demonstram que em estratégias de manejo que buscam o aumento dos teores de carbono são fundamentais em sistemas de produção de arroz irrigado em solos subtropicais do Sul do Brasi. Pois, desencadeia uma serie de aumento da atividade de enzimas extracelulares que são fundamentais nos ciclos biogeoquímicos. Além disso, o aumento dos teores de carbono, demonstram uma diminuição na diversidade taxonômica de microrganismos, devido às profundas mudanças a nível de microambiente que o carbono causa.