Tifo aviário e pulorose são doenças aviárias causadas por Salmonella enterica subsp. enterica do sorotipo Gallinarum (S. Gallinarum). Bactérias deste sorotipo são divididas em dois biovares: Gallinarum (associada ao tifo aviário) e Pullorum (associada à pulorose). No Brasil, o Programa Nacional de Sanidade Avícola (PNSA) foi implementado nos anos 90 para controlar os principais patógenos de aves, tendo sido eficaz na redução de S. Gallinarum entre 1994-2006. No entanto, mais de cem casos de tifo aviário foram relatados no Brasil recentemente. Entre as possibilidades para explicar esta situação destacam-se (i) a falha na biosseguridade nas granjas avícolas e (ii) a reversão da virulência da principal vacina viva (cepa SG9R) que foi intensamente utilizada para controlar S. Gallinarum. O objetivo deste estudo foi utilizar testes de biologia molecular e métodos filogenéticos para investigar as linhagens de S. Gallinarum de surtos recentes no Brasil. As amostras consistiram de doze isolados de S. Gallinarum obtidos de lotes de aves com tifo aviário e pulorose no Sul do Brasil entre 2013 e 2014. Os métodos de análise de todos isolados incluíram (i) a detecção específica dos biovares Gallinarum / Pullorum e da cepa SG9R pela técnica de PCR e ii) a amplificação e sequenciamento da região intergênica do operon rrnH (ribotipagem). O genoma completo de um dos isolados (BR_RS12) foi sequenciado pela plataforma MiSeq (Illumina) e após analisado comparativamente com dados de sequências de outras cepas para a construção de árvore filogenética e avaliação de distância com base no número de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs). Os resultados demonstraram que seis isolados eram do biovar Gallinarum e seis do biovar Pullorum. Nenhum isolado apresentou resultado positivo para a cepa vacinal SG9R. A ribotipagem revelou maior diversidade nos isolados do biovar Pullorum, enquanto os seis isolados do biovar Gallinarum foram idênticos. A filogenia baseada em SNPs concatenados de genomas completos demonstrou que o isolado BR_RS12 apresenta diferença significativa da cepa vacinal SG9R (260 SNPs). Já um isolado caracterizado em um episódio de reversão vacinal na Bélgica (MB4523) apresentou apenas doze SNPs de diferença com a cepa SG9R. Estas doze alterações foram avaliadas in sillico nos outros genomas e os dois isolados brasileiros (287/91 e BR_RS12) apresentaram exatamente o mesmo padrão entre si e com outras cepas de campo, diferindo da cepa vacinal e revertente. Estes resultados sugerem que a origem das cepas associadas ao tifo aviário no Sul do Brasil provavelmente não são uma reversão recente da cepa vacinal SG9R. Em conclusão, a nossa análise comparativa auxilia na compreensão dos surtos de tifo aviário no Brasil, relacionando estes episódios a falhas de programas de biosseguridade nas granjas avícolas.