A Salmonella é uma bactéria da família Enterobacteriaceae classificada em mais de 2.500 sorotipos que ocorrem normalmente no trato entérico de animais. Muitos destes sorotipos infectam aves e estão associados a gastroenterites (paratifo aviário), mas apenas as biovares Gallinarum e Pullorum do sorotipo Gallinarum podem causar infecções sistêmicas em aves de produção e resultar em tifo aviário e pulorose, respectivamente. Surtos destas doenças com elevada mortalidade e grandes prejuízos têm ocorrido em granjas avícolas do Brasil nos últimos anos. O avanço destas infecções tem sido controlado com programas de biosseguridade e o uso de uma vacina viva específica (cepa Gallinarum 9R) nos lotes em produção. Os objetivos deste trabalho foram: (1) realizar a análise do perfil de alguns genes associados às duas biovares do sorotipo Gallinarum em isolados bacterianos de aves de diferentes sorotipos associados ou não aos recentes surtos, (2) detectar a cepa 9R em isolados de Salmonella de lotes comerciais (vacinados ou não). As amostras utilizadas incluíram 91 isolados de Salmonella previamente sorotipados e provenientes de aviários não vacinados do Brasil entre 2011 e 2014, e 50 isolados de lotes com suspeita de tifo aviário/pulorose e ou que foram submetidos à vacinação. A metodologia consistiu na extração de DNA de todos isolados, detecção genérica de Salmonella pela PCR em tempo real (gene invA) e detecção de quatro genes (sefA, fliCg, glgC, speC) por PCR convencional. Os 50 isolados do segundo grupo foram analisados pelo mesmo procedimento com uma etapa adicional de amplificação por PCR convencional específica para detecção específica da cepa 9R. Os resultados mostraram que todos isolados foram positivos para o gene invA. Com relação aos demais genes, ocorreu um perfil específico para os dez isolados do sorotipo Gallinarum (sefA+, fliCg+, glgC+, speC+) e os oito de Pullorum (sefA+, fliCg+, glgC-, speC+). Os demais isolados (previamente identificados como sorotipos Enteritidis, Typhimurium e outros) apresentaram perfil diferente (sefA+/-, fliCg+/-, glgC-, speC-), possibilitando a diferenciação das biovares Gallinarum e Pullorum. A análise das 50 amostras de lotes vacinados demonstrou a ocorrência de 31 isolados do biovar Gallinarum (sendo 20 da cepa 9R) e 19 de outras salmonelas. Em conclusão, o presente estudo demonstra um perfil genético-molecular específico para os isolados de sorotipos associados a surtos de tifo aviário e pulorose em aves.