O carcinoma epidermóide (CE) é uma neoplasia maligna muito frequente na cavidade bucal, porém sua detecção em estágios iniciais é rara. Além disso, uma dificuldade é a escolha do local mais representativo da lesão para a realização de biópsia. A utilização da coloração de azul de toluidina (AT) pode ser um método que identifique o sítio da lesão mais representativo de diferenciação celular. O objetivo deste estudo foi comparar características histológicas de fragmentos com forte marcação por AT e com menor marcação. Pacientes com lesões bucais suspeitas de CE foram biopsiados após uso da técnica do AT a 1%, sendo removidos dois fragmentos, um mais e outro menos corado. Após preparo histológico em HE, os fragmentos foram microscopicamente analisados por um patologista bucal treinado, calibrado e cegado. Foram analisados o grau de diferenciação celular, número de mitoses, hipercromatismo, relação núcleo/citoplasma, pleomorfismo celular/nuclear e disceratose. De acordo com os resultados parciais, não é possível correlacionar os diferentes graus de diferenciação celular nas distintas regiões biopsiadas através da coloração de AT.