As Bactérias ácido lácticas (BAL) constituem uma classe de micro-organismos fermentadores na qual produzem ácido láctico como resultado da fermentação podendo este ser de forma exclusiva ou em conjunto com outros produtos. Estes metabolitos possuem diferentes aromas e sabores se tornando úteis para a produção de produtos lácteos, carne e legumes, já que são capazes de conferir características sensoriais específicas. As BAL podem também ser utilizadas como biopreservadores devido a sua  reconhecida capacidade antagonista para agentes patogênicos que podem estar presentes no leite . A disponibilidade de culturas de BAL nativas ou endógenas, adaptadas às condições locais, é uma necessidade econômica e um avanço tecnológico. Vários testes têm sido comumente usados para a identificação da microflora presente em amostras de queijo e leite , no entanto estes testes, algumas vezes, podem levar um longo período e não podem identificar o gênero da bactéria de forma segura e confiável, portanto a aplicação de técnicas moleculares , tais como a Reação em cadeia da polimerase (PCR) , oferece novas perspectivas para a identificação de espécies de bactérias, taxonomia microbiana e estudos de diagnóstico. O objetivo principal deste estudo foi realizar a caracterização genética e fenotípica de BAL obtidas a partir de amostras de leite cru e queijo artesanal em uma região no sul do Brasil. As BAL foram isoladas e identificadas utilizando uma combinação de métodos, incluindo testes morfológicos, bioquímicos e moleculares que tiveram como base a ferramenta de PCR, onde foram utilizadas sequencias específicas de primers e também um controle positivo. Até o presente momento, das 103 amostras isoladas e caracterizadas como BAL, 29 amostras podem ser consideradas Lactobacillus plantarum, caracterizados a partir da ( PCR) onde foi usado sequências específicas de iniciadores de rRNA 16S-23S e ainda como controle positivo para L. plantarum foi utilizada cepa de referência (ATCC 8041 ) . Apenas uma amostra foi caracterizada como Lactobacillus sakeii onde também foi utilizando sequências específicas de primers para o gene Kata. Como controle positivo para L. sakeii foi utilizada cepa de referência (ATCC/15521), ainda 42 amostras foram caracterizadas como pertencentes ao grupo Casei (Lactobacillus Casei, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus Rhamnosus.) através de sequências específicas de iniciadores de rRNA 16S-23S e empregando como controle positivo para L. casei a cepa  de referência ATCC 393. A pesquisa segue em andamento para avaliar a identificação dos micro-organismos Lactobacillus lactis e Bifidumbacterium bifidum nas amostras.

Palavras-chaves: Bactéria ácido láctica, queijo, leite cru, PCR