Um dos grandes desafios no planejamento de fármacos assistido por computador é a predição da energia livre de ligação entre ligante e receptor. Neste sentido, diversos métodos têm sido propostos para realizar este objetivo. Entre eles estão os acurados métodos baseados na perturbação de energia livre (PEL). Entretanto, estes métodos são custosos em termos de tempo e exigem grande capacidade computacional, tendo seu uso, consequentemente, limitado ao estudo de poucos ligantes. Em contrapartida, devido ao menor custo computacional, as denominadas Estratégias Automatizadas de Docagem Molecular vêm sendo cada ver mais empregadas na predição de interações entre proteínas e ligantes. No presente estudo, foi desenvolvida uma a estratégia de docagem automática sobre conformações extraídas de simulações por dinâmica molecular previamente executadas. Foram avaliadas energias de ligação relativas entre três isoformas da enzima citocromo P450 2E1 (CYP2E1) com a acetilhidrazina, um metabólito do fármaco tuberculostático isoniazida, e clorzoxazona, uma molécula-sonda seletiva para fenotipagem desta enzima em humanos. As energias médias obtidas para cada sistema foram comparadas com dados experimentais e energias de ligação previamente determinadas com o método de Energia de Interação Linear (LIE – linear Interaction Energy). Foram utilizadas 400 conformações extraídas da etapa de produção das simulações das isoformas da CYP2E1. Em cada conformação foram rodadas 10 simulações de docagem molecular com o programa AutoDock 4.2, totalizando 4000 energias de interação entre ligante-proteína por isoforma. Os resultados obtidos até o presente momento mostram que a capacidade da estratégia proposta de reproduzir energias livres de ligação relativas depende das características moleculares e dinâmicas específica de cada sistema ligante-bioreceptor.