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As fluoropirimidinas têm sido amplamente utilizadas no tratamento de tumores malignos, especialmente colorretal, mama, cabeça e pescoço há mais de 40 anos. Sua função é atuar como antimetabólitos, inibindo a biossíntese do DNA e RNA. Entre estes se destaca o 5-fluorouracil (5-FU) cujo mecanismo de ação é atribuído principalmente à incorporação errônea de fluoronucleotídeos no DNA e RNA durante a síntese destes, e também à inibição da enzima timidilato sintase (TS), exercida pelo seu metabólito ativo, o 5-fluoro-2’-deoxiuridina 5’-monofosfato (FdUMP).  No presente estudo, foi investigada a atividade mutagênica do 5-FU e do seu metabólito FdUMP em cinco diferentes concentrações, utilizando o Teste para Detecção de Mutação e Recombinação Somática (SMART) em Drosophila melanogaster, através do cruzamento padrão (CP). Adicionalmente, os eventos de toxicidade genética observados foram quantificados através da comparação dos dados obtidos no genótipo trans-heterozigoto para os genes marcadores mwh e flr³ com os observados nas moscas heterozigotas para o cromossomo TM3. Os resultados indicam que o FdUMP apresentou resultados positivos em todas as concentrações utilizadas em ambos os genótipos, enquanto o  5-FU mostrou resultados positivos apenas na concentração mais alta. A mutação gênica e/ou cromossômica foi o evento genotóxico mais frequente observado para o 5-FU enquanto 94% da atividade genotóxica do FdUMP foi originada por eventos recombinacionais. Para este último composto esta comparação foi realizada através da padronização do número de manchas por unidade de tratamento (µM). As diferenças observadas entre estes compostos podem estar associadas à quantidade do metabólito FdUMP efetivamente disponível no interior das células-alvo ou aos mecanismos envolvidos na origem dos danos genéticos observados. De fato, a toxicidade genética do FdUMP pode estar relacionada à atividade inibitória deste composto sobre a enzima topoisomerase I, que pode promover ocorrência de quebras duplas no DNA, preferencialmente corrigidas pelo reparo recombinacional. Os dados obtidos no presente trabalho ressaltam necessidade de estudos adicionais que esclareçam não apenas a possível participação da via de reparo por recombinação homóloga, mas também possam elucidar as demais dúvidas envolvidas na origem dos danos genéticos gerados por este metabólito.