Portal de Eventos da ULBRA., XIX SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA

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Incorporação da flexibilidade e dinâmica de receptores macromoleculares em simulações de docagem molecular utilizando a enzima citocromo P450 2E1 (CYP2E1) como modelo
Nelson Lowenhaupt Junior, Hermes Luís Neubauer de Amorim, Rúbia Raubach Trespach, Luis Andre Baptista

Última alteração: 25-10-2013

Resumo


O estabelecimento de informações preliminares acerca de propriedades ADMETox (Absorção, Distribuição, Metabolização, Excreção e Toxicidade) vem sendo cada vez mais reconhecido como etapa essencial dentro do processo de descoberta e desenvolvimento de novos fármacos e candidatos a fármacos. Além das técnicas in vitro usuais, metodologias in silico são necessárias para, por exemplo, a avaliação adequada da afinidade e das propriedades ADMETox de candidatos a fármacos durante os primeiros estágios da busca por compostos líderes. Neste contexto, a simulação de docagem molecular (molecular docking) representa  uma das principais metodologias empregadas no planejamento racional de fármacos baseado na estrutura (structure-based drug design). A técnica de docagem molecular possibilita simular o modo de ligação de uma molécula em um alvo biológico (receptor macromolecular) de interesse. Contudo, os programas de docagem disponíveis atualmente possibilitam amostrar somente flexibilidade do ligante, sendo o receptor tratado como rígido. Essa limitação é particularmente importante, já que os receptores possuem estruturas moleculares flexíveis, sujeitas a alterações conformacionais e dinâmicas em função de condições como temperatura, pressão, solvente, íons, cofatores etc.O objetivo deste trabalho é desenvolver e avaliar estratégias de docagem automática (on the fly) sobre conformações extraídas de simulações por dinâmica molecular, utilizando para isto filtros que permitam selecionar os modos de ligação mais produtivos.Com as informações obtidas pretende-se avaliar os modos e as energias de ligação relativas entre três isoformas da enzima citocromo P450 2E1 (CYP2E1) com a acetilhidrazina, um metabólito do fármaco antitubercular isoniazida, e clorzoxazona, uma molécula-sonda seletiva para fenotipagem desta enzima em humanos. A enzima CYP2E1 está envolvida em uma variedade efeitos tóxicos decorrentes da metabolização de compostos xenobióticos de natureza diversa. Embora bastante estudada, as propriedades farmacológicas e toxicológicas das isoformas da CYP2E1 estão longe de serem completamente estabelecidas. Nesse sentido, o desenvolvimento e validação de metodologias teóricas com potencial para a predição dessas propriedades é de grande interesse, principalmente por possuírem a vantagem de gerarem resultados mais rápidos e com menor custo, permitindo a avaliação de uma grande quantidade de compostos.As simulações por dinâmica molecular (DM) das isoformas CYP2E1 serão realizadas com o pacote de programas GROMACS 4.5 utilizando-se o campo de forças CHARMM. Cada conformação extraída das simulações de DM será submetida a 10 simulações de docagem molecular com o programa AutoDock 4.2. As análises dos resultados serão realizadas com os módulos do pacote GROMACS, o software LigPlot e os visualizadores PyMol e VMD.


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