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As Micobactérias não-tuberculosas (MNT) responsáveis por causar micobacterioses, acometem principalmente os pulmões, possuem alta morbimortalidade e são um importante problema de saúde pública no Brasil devido a falta de notificação compulsória e escassez de recursos diagnóstico. Atualmente a reação em cadeia de polimerase (PCR) é uma técnica que vem sendo amplamente utilizada para o diagnóstico de doenças e pode contribuir para detecção oportuna de MNTs. Este estudo teve como objetivo avaliar o desempenho dos kits comerciais de PCR em tempo real para detecção de MNTs. Foram selecionadas 32 amostras de escarro, com resultados prévios de cultura bacteriológica, sendo 20 amostras negativas e 12 amostras positivas para MNT confirmadas com sequenciamento de Sanger. A partir da extração de DNA as amostras foram testadas nos kits de PCR em tempo real “MTBC-NTM Real Time PCR kit Vitro Master Diagnóstica®” (kit 1) e “VIASURE M. tuberculosis complex + non-tuberculous mycobacteria CerTest Biotec S.L.” (kit 2), comparados os resultados e calculado sensibilidade, especificidade e kappa. Dos resultados obtidos, o kit 1 detectou 45% verdadeiro positivo (VP), 25% de Complexo M. tuberculosis nas amostras positivas para MNT, 73% verdadeiro negativo (VN), obteve 40% de sensibilidade e 75% de especificidade. Já o kit 2, detectou 91% VP, 50% VN, obteve 91% de sensibilidade e 45% de especificidade. A comparação dos testes em relação à cultura resultou em 35% de concordância. Apesar do baixo número amostral, foi possível concluir que o kit 2 teve um melhor desempenho em relação ao kit 1, considerando que houve também uma concordância maior entre os resultados positivos do kit 2, cultura e sequenciamento. É necessário continuar a pesquisa, com uma quantidade maior de amostras, comparando métodos mais avançados para aprimorar a detecção de MNTs. Palavras-chave: Mycobacterium; Diagnóstico; Molecular; Real-Time Polymerase Chain Reaction.