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As aves silvestres desempenham um papel crucial como reservatório de doenças infecciosas. As bactérias Salmonella spp. e Mycoplasma spp. são microrganismos patogênicos que infectam aves silvestres, e esses podem transferir a Salmonelose e a Micoplasmose para aves de produção. O presente estudo objetivou realizar um levantamento da ocorrência de Salmonella spp. e Mycoplasma spp. em aves silvestres. A metodologia consistiu na obtenção de 154 amostras provenientes de espécies silvestres e domésticas de 16 ordens diferentes obtidas de indivíduos atendidos em clínicas veterinárias, centros de reabilitação de animais silvestres, etc. Coletou-se o material via suabe cloacal. A detecção de Mycoplasma spp. e Salmonella spp. foi realizada por métodos moleculares, sendo as amostras submetidas à extração de DNA pela metodologia de adsorção em sílica utilizando o kit comercial NewGene®Prep e reagentes comerciais PrepAmp (Simbios Biotecnologia, Cachoeirinha – Brasil). A detecção específica por qPCR foi realizada com os reagentes comerciais SAL+Amp NewGene® e MyAmp NewGene® (Simbios Biotecnologia, Cachoeirinha, RS, Brasil). Os resultados demonstram que 47 (30,51%) amostras foram positivas para Mycoplasma spp, sendo as ordens Accipitriforme, Columbiforme e Psittaciforme com as maiores frequências (1,33%; 8,0% e 12% respectivamente). Apenas duas amostras apresentaram resultado positivo para Salmonella spp, ambas na espécie Falco sparverius da ordem Falconiforme, incluindo um coinfectado de Mycoplasma spp. Nesse contexto demonstra-se que aves de hábito alimentar carnívoro e onívoro têm maior prevalência para Mycoplasma spp. Essas aves, sendo potenciais carreadoras dessas bactérias, representam risco para as aves de produção.