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Salmonella é uma bactéria que normalmente causa enterite, mas pode evoluir para infecção sistêmica no homem e em animais. O gênero Salmonella é classificado em espécies, subespécies e principalmente em sorotipos. Existem mais de 2.600 combinações antigênicas que caracterizam estes sorotipos. A genética dessa bactéria tem sido muito estudada nos últimos anos. Diversos estudos demonstram que o genoma da Salmonella possui sete regiões com genes para produção dos RNAs ribossomais e transportadores (operons rrnA, rrnB, rrnC, rrnD, rrnE, rrnG e rrnH). As sequências intergênicas dessas regiões apresentam elevado grau de variação genética entre gêneros, espécies e até sorotipos de bactérias. O presente estudo objetivou desenvolver um método rápido de identificação molecular de sorotipos de Salmonella pela avaliação das regiões intergênicas dos operons rrnB e rrnH por PCR e sequenciamento. A metodologia consistiu em uma avaliação in silico inicial utilizando cepas de referência de Salmonella e desenho de primers nas regiões conservadas dos dois operons. A etapa laboratorial foi realizada com 63 amostras de 20 sorotipos identificados pelo método de Kauffmann-White Le Minor (KWL), que analisa a presença de antígenos capsulares, somáticos e flagelares atribuindo então um sorotipo ou uma formula antigênica. Essas amostras foram submetidas à extração, amplificação das regiões de interesse de cada operon e sequenciamento, essas sequências foram lançadas na ferramenta BLASTn onde foi realizada uma pesquisa de fator de identidade dessas amostras com cepas de referência e árvores filogenéticas foram montadas. A análise inicial dos resultados de sequenciamento pelo BLASTn demonstrou que 60 das 63 (95,2%) amostras apresentaram o mesmo resultado pelo método de KWL. As três amostras que apresentaram resultados divergentes no rrnH foram dos sorotipos Schwarzengrund, Typhimurium e O:6,7, as quais retornaram na pesquisa do BLASTn como Bredeney, Heidelberg e Choleraesuis, respectivamente. As três amostras divergentes na análise do rrnB pertenciam aos sorotipos Infantis, Typhimurium e O:6,7, que retornaram como Koessen, Heidelberg e Choleraesuis, respectivamente. A análise da árvore filogenética das sequências conjuntas demonstrou a formação de agrupamentos específicos conforme os sorotipos. Essa análise conjunta aumentou o poder de discriminação, possibilitando inclusive a diferenciação de isolados de mesmo sorotipo, como para Typhimurium e Gallinarum. Especificamente as cepas do sorotipo Gallinarum apresentaram agrupamentos separados para os biovares Gallinarum, e Pullorum. A análise conjunta das sequências intergênicas dos operons rrnH e rrnB foi eficiente na diferenciação de sorotipos e isolados de Salmonella.

PCR; Sequenciamento; Salmonella;