O cultivo de soja requer a aplicação de uma ampla combinação de agrotóxicos, indispensáveis para a proteção da planta contra o ataque de pragas. Seu plantio representa 63% do consumo total de agrotóxicos no país, com destaque para as regiões Sul e Centro-Oeste. Assim, os sojicultores são progressivamente expostos aos agentes químicos presentes na composição dos agrotóxicos, os quais podem provocar problemas a sua saúde. Por isso, o objetivo deste estudo foi avaliar possíveis efeitos genotóxicos e de toxicidade induzidos pela exposição ocupacional aos agrotóxicos entre os sojicultores dos Estados do Rio Grande do Sul (RS) e do Mato Grosso (MT), através do Teste de Micronúcleos em Mucosa Oral e da avaliação da atividade da colinesterase sérica. Participaram do estudo 368 indivíduos, sendo 217 residentes no estado do RS e 151 pessoas residentes no estado do MT. Dos 217 indivíduos do RS, 134 foram expostos aos agrotóxicos e 83 não expostos. Dos 151 indivíduos do estado do MT, 79 indivíduos eram expostos e 72 não expostos. A média de idade (45 anos) e de anos de exposição (30 anos) dos indivíduos do RS é maior em comparação à média de idade (33 anos) e de exposição (5 anos) no MT, o que provavelmente se deve a diferenças entre os sistemas de trabalho desenvolvidos nas regiões. No RS, o monocultivo de soja se baseia na agricultura familiar, onde os agricultores se expõem à baixas doses de agrotóxicos durante boa parte da vida. Já no MT, grande parte dos indivíduos expostos são funcionários que residem temporariamente nas propriedades rurais, os quais acabam se expondo aos agrotóxicos por períodos de tempo menores, mas de forma mais intensa. Conforme finalidade de uso, os inseticidas estão entre os agrotóxicos mais utilizados (54% e 50%, para RS e MT, respectivamente), geralmente do grupo químico organofosforados e carbamatos. Estas substâncias agem de forma tóxica em seres humanos inibindo a atividade da acetilcolinesterase. Em relação a avaliação da atividade da colinesterase sérica, foi possível observar diferenças significativas entre indivíduos expostos e não expostos do RS e do MT. Em relação ao teste de micronúcleos em mucosa oral, sojicultores do MT apresentaram um aumento significativo de células micronucleadas em relação as expostos do RS, o que pode ser resultado do sistema de cultivo utilizado na região. Além disso, houve um aumento significativo de células binucleadas em indivíduos expostos no RS comparado aos expostos no MT, devido a exposição aos agentes que afetam a citocinese. Provavelmente a idade, maior entre os indivíduos expostos no RS, pode ter influenciado neste aumento. Brotos nucleares (BUD) não foram afetados nos grupos expostos. A realização de estudos de biomonitoramento são fundamentais para tomada de decisões interventivas, tanto para a intensidade de uso de agrotóxicos quanto para o uso de equipamentos de proteção, além das diferenças nas misturas, considerados fatores essenciais para evitar riscos à saúde a longo prazo.