Salmonella é um dos principais patógenos bacterianos e causa doenças entéricas e sistêmicas no homem e em animais. O gênero Salmonella é classificado em espécies, subespécies e principalmente em sorotipos. A identificação dos sorotipos é essencial para a compreensão da epidemiologia desta bactéria e das doenças que ocorrem no homem e em animais. Como todas as bactérias, o genoma das salmonelas é constituído de DNA cromossomal circular, com eventual ocorrência de plasmídios. A maioria dos genes está organizada em operons, entre os quais sete são responsáveis pela produção dos RNAs ribossomais (rRNAs) e transportadores (tRNAs): rrnA, rrnB, rrnC, rrnD, rrnE, rrnG e rrnH. As regiões intergênicas dos rrns apresentam elevado grau de variação genética, possibilitando a identificação de gêneros, espécies e até sorotipos de bactérias. Especificamente a região espaçadora do rrnH foi previamente demonstrada possui variações ainda mais sutis que permitem identificar sorotipos de Salmonella, tendo sido publicados trabalhos com procedimentos de PCR e sequenciamento para esta finalidade. O presente estudo objetivou estabelecer um procedimento laboratorial similar baseado na análise de outro operon (rrnB) e avaliar a capacidade deste método discriminar os sorotipos. Inicialmente foram obtidas 70 amostras previamente sorotipadas de Salmonella. Os isolados foram confirmados como Salmonella pela amplificação do gene invA. Após foi estabelecido um procedimento de amplificação da região alvo do operon rrnB por PCR utilizando primers específicos para esta região com subsequente sequenciamento do amplicon pelo método de Sanger. As sequências de nucleotídeos foram alinhadas com sequências de referência do Genbank, analisadas comparativamente e avaliadas quanto à similaridade e distância filogenética. Os resultados demonstraram que as 70 amostras foram positivas para o gênero Salmonella e 60 amplificaram a região de interesse, sendo sequenciadas treze até agora. O alinhamento gerado demonstrou a ocorrência de deleções e inserções nas sequências. A análise filogenética demonstrou que os isolados de cada sorotipo agruparam-se em clados específicos. A avaliação de similaridade demonstrou que doze dos isolados analisados demonstraram 100% de identidade com sequências de cepas de referência dos respectivos sorotipos (Agona: n=1; Enteritidis: n=3; Heidelberg: n=1; Schwarzengrund: n=1; Typhimurium: n=3; Pullorum: n=2; e Gallinarum: n=1). Apenas uma das amostras de Pullorum apresentou um índice inferior (98%), mas também com maior identidade com duas outras amostras e com uma cepa de referência deste sorotipo. Estes dados demonstram a possibilidade de realizar a identificação de sorotipos de Salmonella pela análise molecular das regiões intergênicas do operon rrnB.