Este estudo tem como objetivo avaliar a taxa de transmissão vertical do HIV em crianças residentes no munícipio de Canoas e detectar fatores associados. Método: Estudo de coorte prospectivo, formado por todos os recém-nascidos vivos e expostos ao HIV, no período perinatal, no período de junho de 2012 a dezembro de 2013, cuja mãe reside e é acompanhada pelo Serviço de Atendimento Especializado–SAE de Canoas/RS, até a definição da sorologia para o HIV na criança. Resultados: Foram acompanhadas 45 crianças no período. O perfil epidemiológico das gestantes mostrou: mediana de idade de 28 anos; 60% de cor branca; 53,3% com ensino fundamental incompleto; 46,7% já tinham o diagnóstico antes do pré-natal; 37,8% realizaram em média de 6 a 9 consultas de pré-natal. Em relação ao RN, observou-se que: 97,7% receberam ARV nas primeiras 24 horas de vida; 95,6% receberam ARV durante as 6 semanas preconizadas; a terceira carga viral foi detectável em 4,4% das crianças (dois casos), acompanhadas pelo estudo. Nos dois casos em que ocorreu a transmissão vertical do HIV, ocorreu baixa adesão ao pré-natal; uso de drogas ilícitas e tabagismo pela gestante; e abandono de tratamento antirretroviral durante a gestação. Conclusão: Os resultados fornecerão subsídios aos gestores da saúde do município a implantar políticas públicas, que possam erradicar a transmissão perinatal do HIV como forma de contágio.