As técnicas para preparar os canais radiculares sofreram diversas alterações nas últimas décadas. A instrumentação é um processo mecânico que visa, por meios de instrumentos, remover detritos, dar forma, esculpir e alisar as paredes dentinárias do canal radicular. Este estudo in vitro, tem como objetivo determinar a presença de elementos químicos nas paredes dos canais radiculares após o preparo químico mecânico empregando diferentes instrumentos endodônticos. Será submetido ao Comitê de Ética e Pesquisa da Universidade Luterana do Brasil – ULBRA, sendo executado após sua aprovação. Serão selecionados 109 dentes molares inferiores nos quais será realizada radiografia digital e tomografia inicial, para posteriormente realizar o preparo químico mecânico das raízes distais com diferentes instrumentos, conforme a técnica preconizada. Os dentes serão divididos aleatoriamente em três subgrupos, e depois, cada um em três grupos, nos quais cada um será tratado com um tipo diferente de instrumental, sendo um com instrumentos manuais (K-Flexofile, K File, Hedstroen), outro com rotatórios (Protaper, Mtwo, Biorace) e o último com reciprocantes (Reciproc, WaveOne, Unicone). Após o preparo dos canais radiculares será realizado tomografia final, microscopia eletrônica de varredura com aumento de 5000 vezes no terço médio e apical, e o último instrumento utilizado, ainda com a sonda EDX será avaliado a parte central das amostras. As análises serão descritivas com valores de frequencia (N) e percentuais (%) bem como outros testes de associação aplicados. Determinar os elementos químicos presentes no canal radicular após o preparo químico mecânico e caracteriza-los através de espectroscopia de dispersão de raios-X (EDX) e avaliar a capacidade de limpeza dos instrumentos endodônticos (manuais, rotatórios e reciprocantes) e suas condições de uso com Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) é de fundamental importância para estabelecer condutas como prevenção e reparação em terapia endodôntica, visto que há poucos relatos na literatura que abordem tal problemática.